הידאלגו עזב לאגואסקאליינטס ופנה לעבר זקאטקס. כאן נקבע כי המנהיגים העיקריים, עם הכוחות הטובים ביותר והכסף, עזבו לארצות הברית.
ברגע שהם היו בדרך, הם נפלו בשבי על ידי המלוכנים ב- 21 במרץ ב Norias del Baján או Acatita del Baján. הידאלגו נלקח למונקלובה, משם עזב ב- 26 במרץ דרך אלאמו ומפאמי וב- 23 הוא נכנס לצ'יוואווה. ואז התגבש התהליך, וב- 7 במאי התקבלה ההצהרה הראשונה. אופיו הכנסייתי של הידאלגו גרם לתהליך שלו להתעכב יותר משל חבריו.
עונש ההורדה נקבע ב- 27 ביולי וב- 29 ביולי הוצא להורג בבית החולים המלכותי בו נכלא הידאלגו. מועצת המלחמה גינתה את האסיר להימצא בנשק, לא במקום ציבורי כמו חבריו, וירה בו לחזה ולא לגב, ובכך שמר על ראשו. הידאלגו שמע את המשפט ברוגע והתכונן למות.
יומו האחרון תואר כך: "עוד בכלא שלו, הוגשה לו ארוחת בוקר שוקולד, ולאחר שלקח אותה, התחנן שבמקום מים תגישו לו כוס חלב אותה סיים בתצוגת תיאבון והנאה יוצאת דופן. רגע אחר כך נאמר לו שהגיע הזמן ללכת לעינויים; הוא שמע זאת ללא שינוי, קם על רגליו והצהיר שהוא מוכן לעזוב. למעשה, הוא יצא מהקוביה הנוראית בה היה, וכשהתקדם ממנה חמש-עשרה או עשרים צעדים, הוא עצר לרגע, כי קצין המשמר שאל אותו אם הוצע לו משהו להיפטר מהאחרון; על כך הוא השיב כי כן, הוא רוצה שיביאו לו כמה ממתקים שהשאיר על כריותיו: הם אכן הביאו אותם, ואחרי שהם חילקו אותם בין אותם חיילים שהיו אמורים להצית אותו וצעדו מאחוריו, הוא עודד וניחם אותם בסליחתו וב מילותיו המתוקות ביותר לעשות את עבודתן; וכיוון שידע היטב כי הורה לו לא לירות בראשו, וחשש שיסבול הרבה, כי עדיין היה דמדומים והחפצים לא נראו בבירור, הוא סיכם באומרו: "היד הימנית שאשים על החזה שלי תהיה , ילדיי, המטרה הבטוחה שאליה אתה חייב ללכת ".
"ספסל העינויים הוצב שם במכלאה פנימית של בית הספר המופנה, בשונה ממה שנעשה עם הגיבורים האחרים, שהוצאו להורג בכיכר הקטנה שמאחורי הבניין האמור, והיכן שהאנדרטה נמצאת כיום. שמזכיר לנו אותו, ואת הקניון החדש שנשא את שמו; וכאשר הידאלגו ידע על המקום שאליו הוא פונה, הוא צעד בצעד יציב ושלווה, ומבלי לאפשר לעיניו להיות מכוסות עיניים, והתפלל בקול חזק ונלהב את המזמור מיזר לי; הוא הגיע לפיגום, נישק אותו בהתפטרות ובכבוד, ולמרות קטטות שלא גרמו לו לשבת בגבו המופנה, הוא תפס את המושב לכיוון החזית, הניח את ידו על ליבו, הוא הזכיר לחיילים שזה היה נקודה שבה עליהם לירות בו, וכעבור רגע התפוצצה פריקה של חמישה רובים, אחד מהם למעשה פירס את יד ימין מבלי לפגוע בלב. הגיבור, כמעט בלתי עברי, התאמץ בתפילתו, וקולם הושתק כשחמש פיות עוד רובים שוב הופתעו, שכדוריהם עוברים את הגופה, שברו את הקשרים שקשרו אותו לספסל, והאיש נפל לאגם של דם, הוא עדיין לא מת; שלושה כדורים נוספים היו נחוצים כדי לסיים את הקיום היקר הזה, שכיבד את המוות יותר מ -50 שנה. "
ראשו, עם אלה של אלנדה, אלדמה וג'ימנס, הונח בכלובי ברזל בפינות האלונידה דה גרנאדיטס בגואנחואטו. הגופה נקברה בסדר השלישי של סן פרנסיסקו דה צ'יוואווה, ובשנת 1824 הובאו את תא המטען והראש למקסיקו, כדי להיקבר בחגיגיות רבה.
