פלישתו המתמדת של הכובש הספרדי דון נונו בלטרן דה גוזמן לעבר ארצות המערב של המדינה, על מנת להגביר את שליטתו וכוחו על אותם שטחים, הביאה להקמת מחוז חדש בשם ממלכת גליציה החדשה.
האזור היה מיושב על ידי קבוצות ילידים שונות, שהרסו ללא הרף את היישובים שהקימו בו הספרדים. סגן נואנו דה גוזמן, סרן חואן ב 'דה אונט, קיבל פקודות להרגיע את המחוזות האלה ולהקים את וילה דה גואדלחרה במקום שנקרא Nochistlán, עובדה שהוא גמר ב -5 בינואר 1532. לנוכח ההתקפות הילידים התכופות על העיר. הוא נאלץ לעבור כעבור שנה לטונאלה ואחר כך לטלקוטלן. העברה שלישית נעשתה ליישוב העיר בעמק אטמאג'אק, שם נוסדה העיר סופית ב- 14 בפברואר 1542 בנוכחות כריסטובל דה אונטה כמושל גליציה החדשה ודון אנטוניו דה מנדוזה, אז המשנה למלך של ספרד החדשה, אשר מינה את מיגל דה איברה לראשות העיר וסגן מושל.
העיר התפתחה במהירות והחלה להתחרות בזו של קומפוסטלה (היום טפיק), שהיה אז מקום מושלם של מעצמות דתיות ואזרחיות, כך שתושבי גוודלחרה הפעילו לחץ כזה על שלטונות אודיינסיה, עד שהמלך פליפה השני החליט להוציא תעודה מיום 10 במאי 1560 כדי שיעבור מקומפוסטלה לגוודלחרה, לקתדרלה, לחצר המלכותית ולפקידי האוצר.
המבנה העירוני תוכנן על פי זה של שאר הערים הקולוניאליות, ולכן פריסתו פותחה בצורת לוח שחמט ממה שהיה כיכר סן פרננדו. מאוחר יותר הוקמו שכונות מקסיקלינגז'ו ואנאלקו על ידי פריי אנטוניו דה סגוביה, ושכונת מזקיטאן, אחת העתיקות ביותר. גם בתי העירייה הוקמו, מול המקדש הנוכחי של סן אגוסטין וכנסיית הקהילה הראשונה בה נמצא ארמון הצדק.
כיום, העיר המפוארת, הפורה בבניינים קולוניאליים, מציגה מספר לא מבוטל של דוגמאות אדריכליות רלוונטיות, כמו הקתדרלה שלה, אתר חובה, שנבנה בין השנים 1561 עד 1618 על ידי האדריכל מרטין קסיאס. סגנונו סווג כארוק מתחיל. המבנה האיתן שלו מתנשא מול כיכר דה גואדלחרה כיום, עם מגדליה המוזרים שלמרות שהם אינם שייכים לסגנון המקורי של הבניין, הם מוכרים כיום כסמל של בירת גוודלחרה. המגדלים הפרימיטיביים נהרסו במאה ה -19 ברעידת אדמה ולכן נוספו אלה שיש לה כיום. פנים המקדש הוא בסגנון חצי גותי, כולל קמרונותיו עשויים תחרה.
מתחמים דתיים אחרים מהמאה ה -16 הם מנזר סן פרנסיסקו, שהוקם בשנת 1542 ליד הנהר, בשכונת אנלקו, והושמד כמעט לחלוטין ברפורמציה. מקדשו, ששופץ בסוף המאה ה -17, עם חזיתו הבארוקית של קווים סולומוניים צנועים, נשמר. המנזר סן אגוסטין, נוסד בשנת 1573 על ידי פקודת המלוכה של פליפה השנייה וכיום משמר את מקדשו עם חזית הקווים ההריאניים הקשים וחלקו הפנימי עם קמרונות מצולעים.
סנטה מריה דה גרציה, עוד אחת מיסודות המנזר, נכבשה על ידי נזירות דומיניקניות מפואבלה, שנבנתה בשנת 1590 מול כיכר סן אגוסטין ושילמה על ידי הרנאן גומז דה לה פניה. הבנייה תפסה שישה בלוקים, אם כי כיום רק המקדש שלה נמשך, עם חזית ניאו-קלאסית מהמחצית השנייה של המאה ה -18.
