מכיוון שלא ידעו עד כמה צפון המדינה משתרע, הגיעו הישועים לצ'יוואווה. במאה ה -17 המדינה הנוכחית הוקמה בחלקה הדרומי-מערבי על ידי מה שמכונה אזור צ'יניפס, ואילו שאר השטח חולק בין טרהומארה העליונה לתחתונה.
הניסיונות הראשונים לבשר את הצ'יוואווה נבעו מהטיולים שעשו הישועים, שהשתקעו בעבר במדינת סינאלואה. הראשון שנבנה באזור היה זה שהקים האב חואן קסטיני בשנת 1621 ונודע בשם המשימה Chínipas.
הישועים עבדו בהרים בין האינדיאנים של טפחואנים, גוואזפאראס וטרהומארה, ואילו הפרנציסקנים עבדו בעמקים ובמישורים. המיסיונר היציב הראשון באזור צ'יניפס היה האב הישועי חוליו פסקואל, שהונה בשנת 1632 יחד עם האב מנואל מרטינס. עד 1680 נתן פריי חואן מריה סלווטיירה דחף נמרץ למשימה שהתאגדה בשנים 1690 ו- 1730. באמצע המאה השבע עשרה המשימות הישועיות של אזור צ'יניפס הפכו לאחת המסודרות והמתקדמות ביותר.
מדרום הייתה ה- Nabogame שבה אתה עדיין יכול לראות את הכנסייה, האוצר ובית המשימה שבנה האב מיגל וויץ בשנת 1744. Baborigame Satevo ממוקם באותו אזור, שזכה למרץ חדש עם ממשל האב לואיס מרטין. וטובארס, שנוסד בשנת 1699 על ידי האב מנואל אורדאז והוחדש על ידי ממשל ההיסטוריון פליקס סבסטיאן. האחרון נחשב לאחד האמידים ביותר בכנסיות, בית, בקר וחוות. במרכז המשימות של Cerocahui, Guazapares, Chínipas, Santa Ana ובצפון Babarocos ו- Moris.
אזור טרהומארה באחה הוכרז לראשונה על ידי האב חואן פונטה, שערך את כניסתו הראשונה בשנת 1608. בשנת 1639 בנה האב ג'רונימו פיגארואה את המשימה של סן פאבלו בלז'ה ושל חוג'וטיטאן (סן ג'רונימו), ובאותו זמן האב חוסה פסקואל בנה את סן פליפה. בתוך אותו אזור טרהומארה ממוקמים גם לה ג'ויה, סנטה מריה דה לאס קואבס וסן חאבייר סבטו, המשימה האחרונה שנבנתה בשנת 1640 על ידי האב וירג'יליו מאז.
בנוגע לשטח הטרהומארה אלטה, שהקיף את מרכז ומצפון לישות זו, עבודת האוונגליזציה החלה על ידי האבות טרדה, גוודלחרה, צלאדה, טרקאי ונוימן. המשימות שנכללו באזור זה היו: Tonachi, Norogachi, Nonoava, Narárachi, Sisoguichi, Carichi, San Borja, Temechí or Temeichi, Coyachi or Coyachic, Tomochi or Tomochic, Tutuaca or Tutuata, Papigochi, Santo Tomás, Matachi and Tesomachi. באמצע המאה השבע עשרה הפכה המשימה הישועית של צ'יוואווה למאורגנת והנוהלת ביותר, למעט אלה בקליפורניה.
בשטח צ'יוואווה הייתה גם עבודת המיסיון של הפרנציסקנים. מטרתם של הדתיים הייתה להשלים את הקשר שהיה קיים כבר בצפון זקאטקאס, שבשבילו ייסדו מנזרים בצ'יוואווה ובדורנגו. המנזרים, כמו הישועים, נאלצו להגשים את מטרת הבשורת הכופרים. הבניינים שנעשו היו של גבירתנו של הצפון, שהיא כיום סיודאד חוארז, סן בואנוונטורה דה אטוטונילקו (וילה לופז), סנטיאגו בבונויאבה, פאראל, סנטה איזבל דה טרהומארה, סן פדרו דה לוס קונצ'וס, בכיניבה או בקינייבה (גבירת המולד שלנו) ), Namiquipa (San Pedro Alcántara), Carretas (Santa María de Gracia), Julimes, San Andrés, Nombre de Dios, San Felipe el Real de Chihuahua ו- Casas Grandes.
