הקולוניזציה של ארצות רחוקות אלה הושגה בזכות רצונן הבלתי מעורער ועבודה בלתי נלאית של קבוצת מיסיונרים ישועיים, שבידיעה שהכובשים לא הצליחו להכניע את האבוריג'ים, החליטו להביא את הבשורה אליהם ובכך להשיג במילה מה שלא הושג באמצעות נשק.
כך, בסוף המאה השבע עשרה, ביוזמתו הנלהבת של הישועי אוסביו קינו, שקיבל אישור מהשלטונות הספרדיים לצאת למסעו של האדמירל איסידרו אטונדו ואנטילון, הגיעו המיסיונרים למה שהיה אמור אז להיות אי, להטיח את תושביו הבלתי מאולפים על מנת להעניק אישור, העמיד הכתר תנאי שהכיבוש יתבצע על שם מלך ספרד וכי המיסיונרים עצמם ישיגו את המשאבים לביצוע ההתחייבות.
המשימה הראשונה, סנטה מריה דה לורטו, הוקמה בשנת 1697 על ידי האב חוסה מריה סלבטייה, שהיה בטרהומארה, ואשר האב קינו הציע לבצע את העבודה הגדולה. סנטה מריה דה לורטו הייתה במשך יותר ממאה שנים הבירה הפוליטית, הכלכלית והדתית של קליפורניה.
במהלך שלושת רבעי המאה הקרובות הקימו המיסיונרים שרשרת של שמונה עשרה מבצרים מעולים, המקושרים על ידי מה שמכונה "דרך המלוכה" שבנו בעצמם, המחברת את אזור לוס קאבוס, בדרום חצי האי, לגבול הנוכחי עם שלנו. שכן מצפון; זה היה אפשרי מכיוון שבין המיסיונרים היו כוהנים עם ידע בבנייה והנדסת הידראוליקה.
מבין המבנים האימתניים הללו חלקם שורדים במצב מושלם, כמו סן איגנסיו, אחד היפים והשמורים ביותר, שנבנה על ידי האב חואן באוטיסטה לויאנדו בשנת 1728; זה של סן פרנסיסקו חוויאר, שנוסד בשנת 1699, שהורכב מקפלת אדובי צנועה ובית כומר שנבנה על ידי פריי פרנסיסקו מריה פיקולו; הבניין הנוכחי נבנה בשנת 1774 על ידי האב מיגל ברקו, ובשל הארכיטקטורה היפה שלו הוא נחשב "התכשיט של משימות באחה קליפורניה בסור"; זו של סנטה רוזליה דה מולגה, שהוקמה בשנת 1705 על ידי האב חואן מריה בסאלדואה, 117 קילומטרים צפונית ללורטו, הייתה מהמקומות הטובים ביותר, שכן היא נבנתה בנווה מדבר על שפת הים.
המשימות שילבו את היופי של האדריכלות ואת עושר הקישוט עם סביבה מעשית, שאפשרה להקים סביבם יישובי קבע. המיסיונרים לא רק שהיו אוונגליזציה לאבוריג'ינים, אלא לימדו אותם להפוך את המדבר לפורה עם דקלי תמרים; הם הציגו בעלי חיים וגידול תירס, חיטה וקני סוכר; הם הצליחו לגרום לאדמה לייצר עצי פרי כמו אבוקדו ותאנים, וכדי לעמוד בטקסים הדתיים שדרשו יין ושמן, הם קיבלו אישור לעבד את הגפן ואת עץ הזית, שהיה אסור בשאר חלקי החדש. ספרד, ובזכות זה כיום מייצרים באזור יינות ושמן זית מעולים. ואם כל זה לא הספיק, הם הציגו גם את שיחי הוורדים הראשונים שפרחו בארצות אלה וכי מעטרים היום את הפארקים והגנים של חצי האי כולו.
